江蘇海事局負責除長江和沿海以外本省通航水域、港口的水上安全監管、水上安全檢查和水上安全事故調查處理﹔承擔救助打撈、防止船舶污染、船舶和船員管理工作﹔承擔船舶和水上設施及船用產品檢驗工作﹔承擔航政和水上運政的上航執法工作﹔承擔全省重大內河（長江除外）水上人命搜救的組織協調工作。

江蘇海事局設置18個內設機構，機構名稱及主要職責如下：辦公室、法規規范處、綜合計劃處、財務審計處、人事教育處、指揮中心、安全管理處、通航管理處、船舶監督處、船員管理處、危管防污處、基建裝備處、規費征稽處、科技信息處、黨組工作部、宣傳處、紀檢監察處。