南通市城市管理局起源于1985年设立的南通市城市管理领导小组办公室，2001年更名为城市管理局，增挂“市城市管理行政执法局”牌子。市城管局内设10个职能处室以及机关党委和工会。直属事业单位为市城市管理综合行政执法支队（中心）、市垃圾处理中心。

主要负责履行全市城市管理行业管理职能。制定城市管理方面的发展规划、年度计划，开展城市市容管理、城市环境卫生管理、城乡垃圾分类管理、城市环境综合整治、车辆秩序监管工作，统一协调指挥全市城市管理重大活动，牵头查处跨区域及重大复杂违法违规案件。