江苏海事局负责除长江和沿海以外本省通航水域、港口的水上安全监管、水上安全检查和水上安全事故调查处理；承担救助打捞、防止船舶污染、船舶和船员管理工作；承担船舶和水上设施及船用产品检验工作；承担航政和水上运政的上航执法工作；承担全省重大内河（长江除外）水上人命搜救的组织协调工作。

江苏海事局设置18个内设机构，机构名称及主要职责如下：办公室、法规规范处、综合计划处、财务审计处、人事教育处、指挥中心、安全管理处、通航管理处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、基建装备处、规费征稽处、科技信息处、党组工作部、宣传处、纪检监察处。