南京水务贯彻国家和省有关水行政法律、法规和方针政策。研究起草全市水务行业地方性法规、规章并监督实施，实行依法治水、依法管水。

研究拟定全市水务发展战略和政策、水务中长期规划、年度计划。负责研究拟定市域主要江河、湖泊和流域（区域）综合规划及水资源保护、防洪、供水、节水、排水、生活污水处理、水土保持和农田水利等专业规划，并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城乡规划及重大建设项目中水资源和防洪等水务论证工作；指导各区水务规划编制工作。