南京水務貫徹國家和省有關水行政法律、法規和方針政策。研究起草全市水務行業地方性法規、規章並監督實施，實行依法治水、依法管水。

研究擬定全市水務發展戰略和政策、水務中長期規劃、年度計劃。負責研究擬定市域主要江河、湖泊和流域（區域）綜合規劃及水資源保護、防洪、供水、節水、排水、生活污水處理、水土保持和農田水利等專業規劃，並監督實施﹔組織有關國民經濟總體規劃、城鄉規劃及重大建設項目中水資源和防洪等水務論証工作﹔指導各區水務規劃編制工作。